慢性病随访系统的工作流程存在以下局限性：

随访对象的局限性：目前的慢性病随访主要针对特定的慢性病患者，如高血压、糖尿病等，而不是所有慢性病患者。这限制了慢性病随访系统的覆盖范围和应用价值。

随访方式的局限性：目前慢性病随访主要采用电话、短信、邮件等方式，这些方式在某些情况下可能无法及时有效地与患者进行沟通交流，影响随访效果。

疾病分级和危险分层的局限性：目前慢性病随访系统主要根据患者的疾病类型和危险分层进行分类管理，但疾病分级和危险分层的方法不够统一和规范，导致分类管理存在一定局限性。

个体干预内容的局限性：由于慢性病患者的个体差异较大，目前的慢性病随访系统还不能完全满足个体化干预的需求，缺乏针对不同患者的个性化管理方案。

数据收集和利用的局限性：目前慢性病随访系统收集的数据主要来源于患者自报和医院记录，数据的准确性和完整性有待提高。同时，由于数据分散在不同的医疗机构和系统中，缺乏统一的数据管理和共享机制，导致数据利用率不高。

随访管理的局限性：目前慢性病随访系统主要关注患者的病情管理和健康指导，而忽略了对患者的生活方式、心理状态等方面的关注和管理。

患者依从性的局限性：慢性病患者的依从性是影响随访效果的重要因素之一。由于患者的认知水平、生活习惯、心理状态等方面的差异，导致患者依从性不一，影响了慢性病随访的效果。

系统集成和信息共享的局限性：目前慢性病随访系统与其他医疗信息系统的集成和信息共享还存在一定的困难和障碍，限制了信息的互通和共享。

技术发展和更新的局限性：随着技术的不断发展和更新，慢性病随访系统需要不断升级和更新，以适应新的发展需求和技术环境。但由于技术更新和维护成本的限制，一些医疗机构可能无法及时跟进技术的发展和更新。

数据安全和隐私保护的局限性：随着慢性病随访系统的普及和应用，患者的个人隐私和数据安全问题越来越突出。目前的数据安全和隐私保护措施还不够完善，存在一定的安全风险和隐私泄露隐患。

综上所述，慢性病随访系统的工作流程存在一定的局限性和不足之处，需要进一步完善和改进。