公卫体检系统进行健康档案管理的方式主要包括以下几个步骤：

1、数据采集和整合：公卫体检系统通过集成各种个人健康数据的采集手段，如体检记录、医疗档案、实验室检查结果等，将这些数据整合到一个统一的平台上。这包括确定数据表、字段、关系等，并对健康数据进行标准化处理，确保数据格式、单位、命名等的一致性。

2、数据加密与安全性：对于敏感的健康数据，公卫体检系统采用加密存储的方式，确保数据在存储过程中的安全性。同时，系统采用访问控制机制，限制对数据的访问权限，只有授权人员才能访问相关数据。

3、数据备份与恢复：为了防止数据丢失或损坏，公卫体检系统会定期备份健康数据。同时，设计数据恢复策略，确保在发生故障或意外情况时能够迅速恢复数据。

4、数据质量管理：建立数据质量检查机制，确保存储的数据准确、完整、可靠。系统会对数据进行定期清洗和校验，消除错误和异常数据。

5、健康档案建立：当居民到乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心(站)就诊、咨询，或接受群体卫生调查、疾病筛查、健康体检等服务时，由基层医务人员负责为居民建立健康档案。将体检和问诊结果录入系统，并确保档案信息准确完整。

6、健康档案审核：录入健康档案后，会进行审核确认，以确保档案信息的准确性和完整性。

通过这些步骤，公卫体检系统能够建立起全面、准确、安全的健康档案，为医务人员提供便捷的查询和分析功能，从而有效地提升工作效率。同时，居民也可以方便地了解自己的健康状况，更好地促进健康、控制疾病的发生发展。