公卫体检系统涉及到知识产权的问题时，应依据相关法律法规和知识产权管理原则进行处理。以下是一些具体的处理建议：

一、明确知识产权归属

确定知识产权类型：公卫体检系统可能涉及的知识产权类型包括专利权、商标权、著作权等。需要明确系统中哪些部分属于技术创新，可能涉及专利权；哪些标识或品牌属于商标权保护范围；以及系统中的软件代码、文档等是否构成著作权作品。

确定知识产权归属：根据《卫生知识产权保护管理规定》等相关法律法规，明确知识产权的归属。例如，如果是单位自主研发的系统，那么相关的知识产权通常归单位所有；如果是合作开发或委托开发的系统，则需要根据合同约定确定知识产权的归属。

二、加强知识产权保护

申请专利或注册商标：对于具有创新性的技术或品牌标识，应及时申请专利或注册商标，以获得法律上的保护。

签订保密协议：对于系统中的商业秘密或技术秘密，应与相关人员签订保密协议，明确保密义务和违约责任。

加强技术保护措施：采用技术手段对系统进行保护，如加密、数字签名等，防止未经授权的访问和复制。

三、合理利用知识产权

自主实施：单位可以自主实施其拥有的知识产权，如使用专利技术进行生产、销售等。

许可或转让：在符合法律法规和合同约定的情况下，可以将知识产权许可或转让给他人使用，以获取经济利益。

避免侵权：在利用知识产权时，应确保不侵犯他人的合法权益。例如，在使用他人的专利技术或软件时，应获得相关权利人的许可。

四、处理知识产权纠纷

协商与和解：在发生知识产权纠纷时，双方可以首先尝试通过协商或和解的方式解决。

行政裁决或协调：如果协商不成，可以向相关行政部门（如知识产权局、工商局等）申请裁决或协调。

司法诉讼：如果行政裁决或协调无法解决问题，双方还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决纠纷。

五、建立知识产权管理制度

制定知识产权管理制度：单位应制定完善的知识产权管理制度，明确知识产权的申请、保护、利用和纠纷处理等方面的规定。

加强知识产权培训：定期对员工进行知识产权培训，提高员工的知识产权意识和保护能力。

建立知识产权档案：建立完善的知识产权档案，记录知识产权的申请、授权、使用等情况，便于管理和利用。

综上所述，公卫体检系统涉及到知识产权的问题时，应明确知识产权归属、加强知识产权保护、合理利用知识产权、处理知识产权纠纷以及建立知识产权管理制度等方面的工作。这些措施有助于保护知识产权权利人的合法权益，促进技术创新和科技进步。